dokuwikiはまだ復旧してません。それ以外はなんとか復旧しているようです。
これから定期的なチェックとバックアップをしたいと思います。決して人ごとではないのですね。。。
wordpressに不正ログインがされたようですが、そこからどうやって内部ファイルを書き換える事が出来るのかわかりません。テーマファイル、プラグインの編集かな。phpは恐いですね。
自分以外の書き込み属性は付けてなかったと思うwp-config.phpすらも書き換えられており、何でも有りなの？ってちょっと恐い感じです。（404に変えました）
レンタルサーバ、FTPへの不正なログインは記録されていなかったので、どうやって書き込み属性のないファイルを書くんだろうと不思議です。
インターネットそのものがソフトウェアで出来ているので、何でもできるんだよって教えているんですね。
ユーザー名、パスワード、全てのログイン箇所を変えました。