http://veadardiary.blog29.fc2.com/blog-entry-5725.html

上記ページの引用

Yosemite以降では専用のコマンドが用意されているのでリセットが簡単になりました。

ターミナルを起動して以下のコマンドを実行。

defaults write com.apple.dock ResetLaunchPad -bool true; killall Dock

このコマンドを実行するだけでシステムデフォルトの並びに戻ります。